Hvis du bestemmer deg for å fortsette behandlingen, vil du og terapeuten finne frem til en beskrivelse av dine problemer som omfatter et bilde eller en forestilling som representerer den traumatiske hendelsen eller din negative selvoppfatning knyttet til hendelsen. Du og terapeuten finner også frem til hvordan du skulle ønske du kunne tenke om deg selv med tanke på det som hendte gjennomen en positiv oppfatning. Det samme med følelsene som er assosiert med hendelsen og hvordan disse merkes i kroppen.
Du skal deretter sette en verdi på graden av det ubehaget du føler, samt hvor sant du føler at den positive selvoppfatningen er.
Etter forberedelsene begynner selve bearbeidingsfasen i behandlingen, ved å benytte øyebevegelser. Det kan også være en annen form for bilateral stimulering med lyd, lys eller berøring.
En typisk EMDR behandlingstime tar mellom 60-90 minutter. Under denne delen av behandlingen sitter terapeuten skrått overfor deg, og ganske nær deg, for å kunne ha en passende avstand til øynene dine med fingerbevegelsene.