Hos de aller fleste barn kan sykdommen behandles med livsstilsendringer og medisiner. Barnet bør ligge med hevet overkropp og maten kan eventuell gjøres tykkere. Barnet kan gis en medisin som legger seg som et "lokk" opp på maten og hindrer refluks. Hvis dette ikke er tilstrekkelig, vil barnet få medisiner som hemmer syreproduksjon.
Hos noen få barn er medisinsk behandling ikke tilstrekkelig for å fjerne symptomene og det vil være aktuelt med kirurgisk behandling. Man lager da en slags ventil som hindrer at mageinnhold renner tilbake til luftrøret.